W nocy z 9 na 10 lutego 1940 roku rozpoczęła się pierwsza masowa deportacja Polaków z ziem zaanektowanych przez Związek Sowiecki, po 17 września 1939 roku. Objęła ona przede wszystkim polskich osadników wojskowych, służbę leśną oraz cywilnych kolonistów. Deportowani w tym okresie Polacy zostali wysłani do Kraju Krasnojarskiego, do Komi, osiedlono ich również w obwodach archangielskim, swierdłowskim oraz irkuckim. Kolejna fala deportacji miała miejsce dwa miesiące później, w kwietniu 1940 roku. Objęła ona przedstawicieli polskich elit, m. in. urzędników, nauczycieli, sędziów, a także rodziny osób deportowanych w lutym 1940 roku (w tym rodziny polskich oficerów zamordowanych wiosną 1940 roku m.in. w Katyniu). Tym razem głównym miejscem zesłania był Kazachstan.
Istnieją spore rozbieżności w ustaleniu liczby osób deportowanych w latach 1940–1941 w głąb Związku Sowieckiego. Niektórzy badacze szacują liczbę deportowanych na 800 tysięcy do miliona, inni na 300, 350 tysięcy. Te ostatnie dane pochodzą z udostępnianych po 1990 roku archiwaliów postsowieckich. Należy jednak zastrzec, że do dzisiaj polscy historycy nie mają pełnego dostępu do tych zbiorów. Jedno jest pewne, przez niemal dwa lata tzw. pierwszej okupacji sowieckiej (1939–1941) na Syberię zostało zesłanych kilkakrotnie więcej Polaków niż przez niemal dwieście lat rosyjskiej dominacji. Pamiętać również trzeba, że w latach 1939–1941 zsyłani byli polscy obywatele bez względu na narodowość. Zdecydowaną większość – około 80% – stanowili Polacy, ale byli także Ukraińcy, Żydzi, Białorusini i Litwini mający polskie obywatelstwo. Również śmiertelność wśród zesłańców w okresie sowieckim była o wiele większa aniżeli w okresie carskiej Rosji. Ocenia się, że w latach 1939–1941 sięgała nawet 25% osób deportowanych. Męczeńska droga deportowanych zaczynała się już w momencie najścia NKWD na ich domy, gdy dawano im kilkanaście minut na spakowanie się. Potem był trwający kilkadziesiąt dni transport na Syberię, w bydlęcych wagonach przy mrozie sięgającym pięćdziesięciu stopni Celsjusza. Często „miejscem osiedlenia” był zaśnieżony step lub tajga. Śmiertelność zwiększała również mordercza praca w kopalniach złota, niklu, węgla czy uranu. Dysponujemy tysiącami relacji poświadczającymi tę metodę eksterminacji.